La chiesa è a navata unica, con due cappelle sul lato sud, e conserva arredi e dipinti secenteschi. L'altare centrale, con ciborio di legno intarsiato, è sormontato da un trittico ottocentesco rappresentante al centro la Natività. Negli altarini laterali, con casserizi in legno intarsiato di marca umbro-toscana, sono conservate due statue, una delle quali, in terracotta, rappresenta la Madonna delle Grazie. Nelle cappelle sono esposti: un reliquiario a forma di croce e il busto ligneo dell'Ecce Homo, attribuito a fra' Umile da Petralia. Dalla seconda cappella si accede ad una cripta e ad un antico sottopassaggio che la tradizione vuole sia collegato, attraverso un complesso sistema di cunicoli, agli altri conventi aidonesi. Il chiostro si presenta porticato su un solo lato e da questo si accede al Museo archeologico regionale dei reperti archeologici di Morgantina. All'interno c'è un affresco a medaglione nel quale è stata ritratta S.Isabella del Portogallo la figlia di re Pietro III d'Aragona che lasciò la corona per diventare terziaria dell'Ordine Francescano.. Infine c'è una pregevole statua lignea che raffigura il santo Fra Felice da Nicosia.